SMA Pangudi Luhur Jogja yang terletak di pusat kota Jogja ini, semula adalah Sekolah Guru A (Atas: dipersiapkan menjadin guru SMP) khusus putra yang didirikan oleh para imam jesuit pada bulan April 1942. Namun pada tanggal 9 Agustus 1952 sekolah ini diserahkan kepada bruder FIC yang kemudian menempati gedung milik Bruder" FIC di Jln. Senopati 16, dan pada tahun 1965 secara resmi dikelola oleh Yayasan Pangudi Luhur milik para Bruder FIC.
Tahun 1973 SGAK ini kemudian berubah menjadi SPG dan menerima siswa putri. Setelah perjalanan panjang dilalui, karena perubahan kurikulum yang terjadi tahun 1989, maka pada tahun tersebut SPG berubah menjadi SMA setelah 2tahun sebelumnya gedung sekolah pindah ke Jln. Senopati no 18 (hingga kini)
Seperti bayi yaag baru lahir, SMA Pangudi Luhur memulai kehidupan baru sebagai SMA ditahun tersebut. Namun berkat usaha keras dari orang" yang terlibat di dalamnya, kini SMA Pangudi Luhur sudah mengalami banyak kemajuan yang cukup pesat terutama dari segi fasilitas dan perkembangan sumber daya manusia di dalamnya. Sehingga tidak heran jika di tahun 2005 SMA menerima skreditasi dengannilai A.
Di bawah pengelolaan para bruder FIC, SMA Phe-EhL sungguh bertumbuh menjadi sekolah yang mengunggulkan nilai-nilai kehidupan dalam setiap ilmu yang ditawarkan. Sehingga setiap pribadi yang ada di dalamnya akan bertumbuh dalam kesadaran bahwa melalui ilmu pengetahuan hidupku akan ku baktikan bagi Tuhan dan sesama.
Visi SMA Phe-EhL:
-SMA Phe-EhL jogja merupakan tempat mewujudkan komunitas iman dengan cara menempatkan Tuhan Allah sebagai pusat hidup dalam upaya membangun persaudaraan sejati serta menanggung karya bersama dalam pendampingan kaum muda menuju PRIBADI dewasa, beriman, berpengetahuan, trampil, bermartabat, berbudi pekerti luhur, dan terbuka menghadapi tantangan jaman.
Misi SMA Phe-EhL:
-Membantu mendampingi siswa menemukan potensi yang dimiliki untuk dikembangkan secara optimal serta melatih siswa mandiri, bertanggung jawab, bermartabat dan berbudi pekerti luhur, menghargai, menghormati sesamanya dan menerima diri sebagai pribadi yang unik sehingga menjadi pribadi dewasa.
Tujuan SMA Phe-EhL:
1. Menghasilkan peserta didik yang dengan ilmu pengetahuannya mau mengabdi diri bagi Tuhan dan sesama.
2. Menghasilkan peserta didik yang beriman dan bersikap profesional tanpa membedakan agama, ras, suku, dan tingkat sosial.
3. Menghasilkan peserta didik yang mempunyai kemampuan berorganisasi dan bermasyarakat.
4. Menciptakan hubungan baik antara sekolah dan orang tua, alumni, masyarakat sekitar, sekolah lain, perguruan tinggi, maupun lembaga" lain.
5. Menghasilkan peserta didik yang dapat diterima di perguruan tinggi yang berkualitas baik dan mampu menentukan pilihan sesuai dengan bakat dan kemampuan mereka.
Fasilitas SMA Phe-EhL:
1. Laboraturium Komputer
2. Laboraturium Bahasa
3. Laboraturium IPA
4. Multimedia Per Kelas
5. Ruang Doa
6. Ruang Kesenian
7. Perpustakaan & Ruang Baca Ber"AC" 10
8. Ruang Diskusi
9. Studio Musik
10. Semua Ruang Kelas Ber-AC
11. Lapangan InDoor
Ekstra Kurikuler SMA Phe-EhL:
A. Olah Raga:
---Renang
---Basket
---Volley
---Tae Kwon Do
---Sepak Bola
---Badminton
B. Kesenian:
---Paduan Suara
---Bina Vokalia
C. Ketrampilan:
---Komputer
---Bahasa Inggris
---Jurnalistik
D. Kreatifitas Siswa:
---Teater
---Cheerleaders & Dance
---Breakdance
---Peer Education
---Band
E. Kelompok Karya Ilmiah (KIR)
